Lúc 19 giờ cùng ngày Hòa thượng Thích Quảng Đức tự thiêu, Tổng thống Ngô Đình Diệm đọc một bài diễn văn trên sóng phát thanh rằng ông "hết sức lo ngại" về vụ việc và khẩn khoản kêu gọi "đồng bào bình tâm". Ông cũng thông báo rằng tiến trình đàm phán đang tiến triển tốt. Ông Diệm cho biết chính tình hình tôn giáo căng thẳng như thế này đã làm nổi bật vai trò của thuyết nhân cách trong Thiên chúa giáo đối với các luật lệ của ông. Ngô Đình Diệm còn cho rằng những người có tư tưởng cực đoan đã bóp méo sự thật và khẳng định rằng các Phật tử có thể: "tin tưởng vào Hiến pháp, hay nói cách khác là tin tưởng ở tôi".[26]

Quân lực Việt Nam Cộng hòa hưởng ứng lời kêu gọi của tổng thống, bày tỏ sự đoàn kết với nhau đằng sau Ngô Đình Diệm để cô lập các sĩ quan chống đối. 30 quan chức cấp cao đứng đầu bởi tướng Lê Văn Tỵ đã khẳng định quyết tâm thực thi mọi nhiệm vụ giao phó cho quân đội để bảo vệ hiến pháp và nền cộng hòa. Bản tuyên bố thực ra là vỏ bọc che đậy cho kế hoạch lật đổ Ngô Đình Diệm. Một số người tham gia ký kết về sau có dính líu trực tiếp tới cuộc đảo chính và ám sát Diệm tháng 11 năm đó. Các tướng Dương Văn Minh và Trần Văn Đôn, cố vấn quân sự của tổng thống và là người sẽ lãnh đạo cuộc lật đổ, lúc đó đang ở nước ngoài và không phải tham gia màn kịch ký kết.[34]

Trần Lệ Xuân, vợ của Ngô Đình Nhu và em dâu tổng thống, lúc đó được mệnh danh là Đệ Nhất Phu nhân Việt Nam Cộng hòa vì tổng thống sống độc thân, đã phát biểu: "Tôi sẽ vỗ tay khi thấy một vụ nướng sư khác" (I would clap hands at seeing another monk barbecue show)[35] và "nếu ai thiếu xăng dầu tôi sẽ cho". Trả lời phỏng vấn của ký giả tờ New York Times, Trần Lệ Xuân nói: "Tôi còn thách mấy ông sư thêm mười lần nữa. Phương pháp giải quyết vấn đề Phật giáo là phớt lờ, không cần biết tới". Những phát biểu thiếu cân nhắc và quá khích của bà như rót thêm nước sôi vào tình hình căng thẳng lúc đó.[36]

Cuối tháng 6, chính phủ Ngô Đình Diệm cáo buộc rằng Hòa thượng Thích Quảng Đức "đã bị chích thuốc" trước khi bị ép tự vẫn.[37] Chính quyền cũng buộc tội Browne đã hối lộ nhà sư để ông tự thiêu.[38] Nhưng về sau, Trần Lệ Xuân đã tìm cách từ chối một số các phát biểu thiếu trách nhiệm này.[39]